Fundada em 1996, a SBIAgro surgiu como resultado do I Seminário Internacional de Informatização da Agropecuária (Agrosoft 95), realizado em Juiz de Fora, estado de Minas Gerais, Brasil. Desde então, o Congresso Brasileiro de Agroinformática vem sendo realizado a cada 2 anos, com a colaboração de diversos parceiros públicos e privados.